Après la transition politique et constitutionnelle, il s’agit de s’engager dans un processus de justice transitionnelle holistique, couvrant les différentes périodes autoritaires de l’histoire sud-coréenne. Dans un premier temps, priorité est donnée à deux périodes de violations massives des droits humains en particulier: la répression brutale des manifestations dans le mouvement démocratique de 1980 au Gwangju d’une part ; les disparitions de leaders de l’opposition et d’activistes sous la dictature de Park (1980-1988) d’autre part. La première initiative visant le massacre de 1980 à Gwangju intervient dès 1988, sous l’impulsion du Président Roh Tae-Woo. Celui-ci met en place une commission consultative présidentielle pour promouvoir la réconciliation ; la commission admet officiellement que la rébellion du Gwangju est un « mouvement pro-démocratique », mais s’oppose à toute forme de sanction des coupables ou même de recherche de la vérité afin d’éviter de « troubler l’unité démocratique ». Cette frilosité s’explique par les liens étroits entre Roh Tae Woo et Chun Doo Hwan, responsable du massacre de Gwangju[8].

L’Assemblée met alors en place une commission sur les événements de Gwangju, convoquant dix-sept personnalités à témoigner y compris l’ancien président Chun Doo Hwan ; en 1995, sous la présidence de Kim Young Sam, elle adopte un Acte Spécial sur le « mouvement démocratique du 18 mai » [9], autre nom des événements de Gwangju, permettant l’ouverture de procédures pénales à l’encontre des anciens présidents Roh Tae Woo et Chun Doo Hwan pour leur rôle dans le coup d’État de décembre 1979 et la répression de Gwangju en mai 1980. En 1996, ils sont condamnés à la prison à vie et à la peine capitale respectivement – leurs peines sont commuées, puis ils sont pardonnés en 1997 par le président Kim Young Sam sur conseil du président-élect Kim Dae Jung.

Par la suite, la Corée du Sud met en place de multiples commissions vérité – près de vingt sont établies pour faire la lumière sur les violations des droits humains perpétrés au cours des différentes phases autoritaires du pays. La première commission, appelée « Commission d’Enquête pour la réhabilitation de la Réputation des Personnes associées à l’Incident de Geochang », est établie en 1996 sur le fondement de l’Acte Spécial sur l’Incident de Geochang[10], l’un des massacres de la guerre de Corée, perpétré en 1951. Son objectif est la réhabilitation de la réputation des victimes par la reconnaissance officielle de leur innocence, et l’entretien des tombes dans lesquelles elles sont enterrées. 

La seconde commission est la Commission du Jeju, établie en 2000, sur le fondement de l’Acte Spécial sur l’Établissement des Faits dans l’Incident de Jeju de 1999[11]. Cet Acte Spécial vise à faire la lumière sur l’incident de Jeju, qui aurait fait entre 20 000 et 30 000 morts en 1948-49, soit 10% de la population totale de Jeju[12]. La Commission recommande la création de trois lieux de commémoration : le Jeju Peace Memorial Park, le Musée de Jeju, et une  Fondation Permanente, appelée la « Fondation 4.3 », chargée de s’occuper du Musée de Jeju et d’y organiser des commémorations. Sa mission est d’enquêter et révéler la vérité sur le massacre de Jeju, d’identifier les victimes et de réhabiliter l’honneur des victimes. Son exposé des motifs révèle un triple-objectif de promotion des droits humains, de consolidation de la démocratie, et de renforcement de l’unité nationale.

La troisième commission, établie en 2001, est une commission présidentielle portant sur l’ensemble des « morts suspicieuses » associées au mouvement pro-démocratie sud-coréen depuis 1969, y compris dans le cadre du massacre de Gwangju de 1980. Créée sur le fondement d’un Acte visant les morts et disparitions forcées suspicieuses[13], elle enquête notamment sur les cas de morts suspicieuses associées au mouvement pro-démocratie. Lorsqu’un décès est identifié comme étant lié au mouvement pour la démocratie, il est renvoyé devant une « Commission sur le Mouvement Démocratique » et la famille du défunt est éligible à une compensation administrative. Spécifiquement, la commission vise à réhabiliter les réputations des personnes impliquées dans le mouvement pro-démocratie et à leur offrir réparation.

Durant la présidence de Roh Moo-Hyun (2003-2008), lui-même un défenseur des droits humains et avocat, d’autres commissions sont établies. En 2004, des commissions vérité visent à faire la lumière sur le massacre de No Gun Ri, le Camp de Réhabilitation de Samcheong, et la Révolution paysanne de Donghak. En 2004, une Commission spéciale est établie pour enquêter sur les victimes de travail forcé sous administration coloniale japonaise. En 2005 est créé le Comité Présidentiel pour l’Inspection des Collaborations avec l’Impérialisme Japonais, avec pour mission d’enquêter sur les activités de collaboration avec le colonisateur japonais ; en 2009, plus d’un millier d’individus sont identifiés comme collaborationnistes. Les activités du Comité Présidentiel de l’Inspection des Collaborations avec l’Impérialisme Japonais sont suivies par l’établissement en 2006 d’une autre commission, la Commission d’Enquête sur les Propriétés des Collaborationnistes Pro-Japonais, qui comme son nom l’indique, enquête sur les propriétés des per-sonnes identifiées comme collaborationnistes. Les propriétés ainsi identifiées sont ensuite nationalisées.

Finalement, en 2005, la plus importante des commissions vérité de Corée du Sud voit le jour : la « Commission Vérité Réconciliation de Corée » (TRCK), créée sur le fondement de l’Acte pour l’Enquête sur les Incidents du Passé en vue de la Vérité et de la Réconciliation[14]. Cette Commission dispose d’un mandat bien plus large que ses prédécesseurs : elle enquête sur toutes violences de masse et massacres y com-pris actes de torture et disparitions forcées perpétrés de 1910 à 1995, en particulier à l’encontre des indépendantistes sous les régimes de colonisation et à l’encontre des membres du mouvement pro-démocratie sous les dictatures militaires. Sont visées toutes les violences du régime colonial japonais (1910-1945), les massacres civils de l’indépendance (1945) à la Guerre de Corée (1950-1953), les violations des droits humains par l’État depuis l’indépendance, surtout sous les régimes militaires et autoritaires (1961-1992), et les violences, massacres, disparitions forcées et morts suspicieuses perpétrées par les « ennemis de l’État » (1961-1995) [15].

La création de la Commission poursuit un triple-objectif : améliorer la légitimité de l’État, réconcilier la Corée du Sud avec son passé, et aider le pays à atteindre l’unité nationale en honorant ceux qui ont participé aux mouvements d’indépendance. Son mandat initial est de 4 ans, avec une extension possible pour deux années supplémentaires. La Commission est un organe indépendant composé de 15 commissaires; huit sont nommés par l’Assemblée Nationale, quatre par le Président, et trois par le Président de la Cour Suprême. Son travail se décompose en deux volets : premièrement, un volet « enquête », consistant à filtrer les requêtes individuelles, et enquêter, à la demande des victimes et des membres de leur famille, sur les cas individuels de violations des droits humains ; deuxièmement, un volet « politiques publiques » consistant à formuler des recommandations en matière de politiques de réconciliation à destination du gouvernement et des agences compétentes.

Au cours de ses cinq années d’existence, la Commission a enquêté sur plus de 10 000 cas individuels[16]. Pour ce faire, elle disposait d’ environ 240 employés et un budget annuel de 76 milliards de won (63.3 million USD) . Elle a également émis de nombreuses recommandations à destination du gouvernement : paiement de réparations, levée de la prescription afin que les victimes puissent engager des actions en justice pénale et civile « ordinaire » ; adoption de mesures politiques de réconciliation vis-à-vis des auteurs des violations ; et organisation de nouveaux procès permettant aux victimes condamnées à tort pour crimes contre la sécurité nationale d’être rejugées et innocentées. Prenant acte des recommandations de la Commission, le President Roh Moo-Hyun prononce dès 2003 des excuses formelles aux victimes de plusieurs massacres de la guerre de Corée. Au même moment, plusieurs « nouveaux procès »  ou révisions de procès sont ouverts dans les tribunaux ordinaires pour réhabiliter les réputations des personnes condamnées abusivement pour violation de la sécurité nationale. Ces dernières sont dédommagées, parfois à hauteur de plusieurs millions de dollars.

Après l’élection de Lee Myung Bak, du parti conservateur « Grand Parti National », à la présidence de la république en 2008, le travail de la commission est rendu plus difficile. L’efficacité des activités du TRCK est particulièrement compromise par la nomination, par le président Lee, d’un nouveau président, Lee Young Jo, en 2009, et d’autres commissaires peu acquis à la cause de la justice transitionnelle. En même temps, le TRCK voit son budget annuel significativement réduit par le gouvernement. Bien que le TRCK soit en mesure de demander une extension de son mandat pour près de deux ans, son nouveau président Lee Young Jo demande une extension de seulement deux mois et met un terme aux activités du TRCK en 2010.

Sous l’administration de sa successeur, Park Geun-Hye, fille de l’ancien dictateur Park Chung-Hee élue à la présidence en 2013, et « Première dame » de Corée du Sud durant la période de Yusin de 1974-1979, le travail de réconciliation est encore davantage compromis. Les enquêtes concernant les violations des droits humains mettant en cause la responsabilité de son père ne sont pas soutenues par la présidence. Néanmoins, à la suite de son impeachment pour corruption en 2017[17], Moon Jae-In, ancien avocat des droits de l’homme lui succède et décide, sous la pression de la société civile, de rouvrir le TRCK en 2018 pour permettre aux enquêtes en cours abandonnées lors de la fermeture abrupte du TRCK, de pouvoir aboutir[18].